{"id":2868,"date":"2022-05-01T10:28:21","date_gmt":"2022-05-01T08:28:21","guid":{"rendered":"https:\/\/beink.keekee.studio\/comment-j-en-suis-venue-a-stocker-des-donnees-dans-de-l-adn\/"},"modified":"2024-06-14T01:06:06","modified_gmt":"2024-06-13T23:06:06","slug":"comment-j-en-suis-venue-a-stocker-des-donnees-dans-de-l-adn","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/comment-j-en-suis-venue-a-stocker-des-donnees-dans-de-l-adn\/","title":{"rendered":"Comment j'en suis venue \u00e0 stocker des donn\u00e9es dans de l'ADN"},"content":{"rendered":"
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Rencontres et projets<\/h3>\n

Janvier 2018, je suis \u00e9tudiante en 3\u00e8me ann\u00e9e d\u2019\u00e9cole d\u2019ing\u00e9nieur en agronomie (ENSAIA), sp\u00e9cialis\u00e9e en biotechnologies. Tandis que je serai dipl\u00f4m\u00e9e d\u00e8s octobre, je souhaite poursuivre mes \u00e9tudes par une th\u00e8se. Mais pas n\u2019importe quelle th\u00e8se, je cherche un sujet suffisamment original complet pour m\u2019inspirer et me donner l\u2019envie d\u2019y investir toutes mes comp\u00e9tences. Alors plut\u00f4t que de r\u00e9pondre \u00e0 des appels d\u2019offre qui ne m\u2019inspiraient qu\u2019\u00e0 moiti\u00e9, j\u2019ai pris le probl\u00e8me dans l\u2019autre sens, selon moi, le vrai sens, et je suis partie \u00e0 la rencontre d\u2019\u00e9quipes de recherche qui travaillent sur des sujets qui me passionnent. Pour les contacter, j\u2019envoyais un mail racontant qui j\u2019\u00e9tais, quel \u00e9tait mon parcours, ce que je cherche et leur demandant s\u2019ils seraient disponibles pour une rencontre, afin d\u2019\u00e9changer \u00e0 propos de leurs recherches. Et bien s\u00fbr, mon but sous-jacent \u00e9tait de me cr\u00e9er un r\u00e9seau de contact suffisamment vaste pour d\u00e9nicher le poste qui me ferait vibrer. C\u2019est dans ce contexte que j\u2019ai rencontr\u00e9 St\u00e9phane Lemaire<\/strong>, directeur de recherche et chef de l\u2019\u00e9quipe de recherche Biologie de Synth\u00e8se et des Syst\u00e8mes des Microalgues au CNRS. Dans son \u00e9quipe, pas de poste \u00e0 pourvoir pour une doctorante, en revanche\u2026 une opportunit\u00e9 incroyable, et joliment amen\u00e9e : apparemment mon CV est celui qu\u2019on attendait pour lancer un projet hors du commun : stocker des donn\u00e9es dans l\u2019ADN, il faut bien reconnaitre qu\u2019\u00e0 ce moment-l\u00e0, je suis flatt\u00e9e et carr\u00e9ment enthousiaste, vous vous en doutez : j\u2019accepte.<\/p>\n

Me voil\u00e0 donc pas du tout en th\u00e8se mais ing\u00e9nieur d\u2019\u00e9tude, seule personne travaillant \u00e0 plein temps sur un projet hors du commun : encoder la D\u00e9claration des Droits de l\u2019Homme et du Citoyen (1789) et la D\u00e9claration des Droits de la Femme et de la Citoyenne (1791) dans de l\u2019ADN.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Ok c\u2019est bien gentil, on dirait qu\u2019on parle d\u2019un truc de fou, mais qu\u2019est-ce que \u00e7a veut dire \u00ab\u00a0encoder dans de l\u2019ADN\u00a0\u00bb en fait ?\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n

Qu\u2019est-ce que l\u2019ADN ?<\/h4>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n
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L\u2019ADN est une jolie mol\u00e9cule, en forme de double h\u00e9lice, qui se trouve \u00eatre le support de notre information g\u00e9n\u00e9tique (c\u2019est une sorte de biblioth\u00e8que dans laquelle est rang\u00e9e chacun de nos g\u00e8nes). ADN est un acronyme, pour Acide D\u00e9soxyRibonucl\u00e9ique, autrement dit : un acide auquel il manque un oxyg\u00e8ne (\u00ab\u00a0d\u00e9soxy\u00a0\u00bb) sur une mol\u00e9cule de sucre (le ribose) L\u2019ADN varie d\u2019un individu \u00e0 un autre (surtout si ceux-ci n\u2019appartiennent pas \u00e0 la m\u00eame esp\u00e8ce), en revanche il est le m\u00eame pour chacune de nos cellules. Chaque cellule de notre corps lit le m\u00eame ADN.<\/p>\n

Mais du coup, vous allez me dire \u00ab\u00a0Comment \u00e7a se fait que chacune de nos cellules lise la m\u00eame information g\u00e9n\u00e9tique, alors qu\u2019on a plein de cellules diff\u00e9rentes ?\u00a0\u00bb<\/em>. Effectivement, une cellule d\u2019\u0153il n\u2019est pas une cellule de cuir chevelu, car on n\u2019a jamais vu quelqu\u2019un avoir des cheveux qui lui poussent dans les yeux. Et bien l\u2019existence de types de cellules diff\u00e9rentes au sein d\u2019un m\u00eame individu s\u2019explique par le fait que chaque type de cellule lit un chapitre d\u00e9di\u00e9 de l\u2019ADN, et non pas tous les chapitre. Une cellule d\u2019\u0153il lira donc le chapitre \u00ab\u00a0Comment \u00eatre une bonne cellule d\u2019\u0153il\u00a0\u00bb, mais ne lira pas le chapitre \u00ab\u00a0Quels sont mes droits et mes devoirs en tant que cellule du cuir chevelu\u00a0\u00bb.<\/p>\n

\u00ab Ok, les cellules lisent un gros bouquin appel\u00e9 ADN donc\u2026 Mais elles le lisent dans quelle langue ? \u00bb<\/em>. Le langage g\u00e9n\u00e9tique ne repose pas sur 26 lettres comme l\u2019alphabet fran\u00e7ais ou anglais, mais juste de 4 lettres, chaque lettre d\u00e9signant en fait une petite mol\u00e9cule appel\u00e9e base de l\u2019ADN : A pour ad\u00e9nine, T pour thymine, G pour guanine et C pour cytosine. (Petite pr\u00e9cision: on a dit pr\u00e9c\u00e9demment que l\u2019ADN \u00e9tait une double h\u00e9lice : aussi, en face de chaque base, se trouve une autre base qui lui fait face.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Cette correspondance base-base n\u2019est pas hasardeuse : en face d\u2019un A on trouvera toujours un T et en face d\u2019un C toujours un G !). C\u2019est la juxtaposition de ces lettres qui forme la mol\u00e9cule d\u2019ADN. A certains endroits, cette juxtaposition de lettres formes un \u00ab\u00a0mot g\u00e9n\u00e9tique\u00a0\u00bb qui a du sens pour la cellule, c\u2019est-\u00e0-dire qu\u2019en lisant cette partie l\u00e0 de l\u2019ADN, la cellule sera capable de produire une prot\u00e9ine associ\u00e9e, comme si elle lisait le mode d\u2019emploi de la construction d\u2019un \u00e9difice de LEGO par exemple. Ces parties particuli\u00e8res de l\u2019ADN sont appel\u00e9es les g\u00e8nes. Il y en a plusieurs r\u00e9partis le long de l\u2019ADN, s\u00e9par\u00e9s par de longues suites de A, T, G et C qui elles en revanche n\u2019ont pas de signification particuli\u00e8re pour la cellule.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Que signifie \u00ab\u00a0encoder dans de l\u2019ADN\u00a0\u00bb ?<\/h4>\n

L\u2019ADN a donc un langage quaternaire, de 4 lettres. Les donn\u00e9es num\u00e9riques (par exemple, cet article de blog que vous \u00eates en train de lire) sont lues par l\u2019ordinateur dans un langage binaire, constitu\u00e9 uniquement de 0 et de 1. Encoder des donn\u00e9es num\u00e9riques dans l\u2019ADN, c\u2019est donc trouver une correspondance entre le langage num\u00e9rique et le langage g\u00e9n\u00e9tique. Plusieurs correspondances ont \u00e9t\u00e9 imagin\u00e9es, par exemple :<\/p>\n

\u2013 Exemple de correspondance compacte : A = 00, T = 11, G = 10, C = 01<\/em>
\nCode employ\u00e9 par Georges Church, qui permet d\u2019encoder un maximum d\u2019information dans un minimum de bases d\u2019ADN. Mais n\u2019oublions pas que l\u2019ADN que nous fabriquerons dans le cadre pr\u00e9cis de notre projet va \u00eatre mis dans un organisme vivant (une bact\u00e9rie) pour sa duplication, il peut avoir un sens biologiquement parlant. Avec ce code-l\u00e0, il n\u2019existe qu\u2019une seule traduction possible. Ce qui veut dire qui si par malchance (bien que ce soit assez imbrobable) la cellule peut comprendre cette s\u00e9quence d\u2019ADN et cr\u00e9er une prot\u00e9ine toxique (que ce soit pour l\u2019exp\u00e9rimentateur ou la bact\u00e9rie) on ne peut pas y rem\u00e9dier.<\/p>\n

\u2013 Exemple de correspondance flexible : A = 0, C = 0, T = 1, G = 1<\/em>
\nCode que j\u2019ai employ\u00e9 au sein de l\u2019\u00e9quipe de St\u00e9phane Lemaire, permettant d\u2019encoder la m\u00eame information num\u00e9rique de plusieurs fa\u00e7ons en langage g\u00e9n\u00e9tique. J\u2019expliquerai l\u2019int\u00e9r\u00eat de cette m\u00e9thode ci-apr\u00e8s.
\nToutes sortes de donn\u00e9es peuvent \u00eatre num\u00e9riques. Par exemple, le texte de la D\u00e9claration des Droits de l\u2019Homme et du Citoyen peut \u00eatre r\u00e9\u00e9crit \u00e0 l\u2019ordinateur (format num\u00e9rique de type texte) ou bien num\u00e9ris\u00e9 (format num\u00e9rique de type image). Mais on peut aussi citer la musique ou encore les films par exemple.
\nUne fois qu\u2019on a la s\u00e9quence g\u00e9n\u00e9tique que nous avons g\u00e9n\u00e9r\u00e9e en correspondance avec le fichier num\u00e9rique que nous souhaitions coder, nous le faisons synth\u00e9tiser. C\u2019est-\u00e0-dire que nous envoyons la s\u00e9quence de A, T, G, C \u00e0 une entreprise de s\u00e9quen\u00e7age, qui s\u2019occupe d\u2019assembler les bases (mol\u00e9cules qui constitueront ce bout d\u2019ADN) dans l\u2019ordre indiqu\u00e9. Twist Bioscience<\/a> est une des entreprises dont l\u2019activit\u00e9 est de synth\u00e9tiser des bouts d\u2019ADN par exemple. C\u2019est d\u2019ailleurs \u00e0 eux que nous nous sommes adress\u00e9s pour r\u00e9aliser notre projet d\u2019encodage de donn\u00e9es dans l\u2019ADN.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Les fragments d\u2019ADN synth\u00e9tis\u00e9s sont ensuite assembl\u00e9s chimiquement par des enzymes, dans des structures d\u2019ADN circulaires appel\u00e9es plasmides. Ce sont ces plasmides qui sont ensuite int\u00e9gr\u00e9s dans des bact\u00e9ries, qui vont faire office de moines copistes redoutablement efficaces : elles vont multiplier ces ADN en des milliers de copies, et ce en l\u2019espace de quelques heures seulement. Les plasmides ainsi amplifi\u00e9s sont ensuite extraits des bact\u00e9ries afin de s\u2019affranchir de tout \u00eatre vivant au moment du stockage. Puis il est lyophilis\u00e9 et encapsul\u00e9, dans des capsules con\u00e7ues sp\u00e9cialement pour stocker de l\u2019ADN, technologie d\u00e9velopp\u00e9e par Imagene<\/a>.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Et si on souhaite lire son contenu ? On ouvre la capsule avec un d\u00e9capsuleur, on d\u00e9pose une goutte d\u2019eau \u00e0 l\u2019int\u00e9rieur pour remettre les mol\u00e9cules d\u2019ADN en suspension, on en pr\u00e9l\u00e8ve une partie et on la d\u00e9pose sur le lecteur d\u2019un s\u00e9quen\u00e7eur d\u2019ADN (nous avons utilis\u00e9 le MinION d\u00e9velopp\u00e9 par Nanopore et qui n\u2019est pas plus grand qu\u2019une clef USB, directemement reli\u00e9 \u00e0 notre ordinateur !).<\/p>\n

Gr\u00e2ce au programme informatique que nous avons d\u00e9velopp\u00e9, ces longues s\u00e9quences de A, T, G et C sont ensuites retraduites en binaire avant d\u2019\u00eatre reconverties en texte (ou image selon le fichier de d\u00e9part) lisible par l\u2019oeil humain.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Et voil\u00e0 !\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Pourquoi stocker de l\u2019information num\u00e9rique dans de l\u2019ADN ?<\/h4>\n

On pourrait se dire que c\u2019est juste de l\u2019esbrouffe pour faire des trucs cools. Alors oui, c\u2019est vrai que c\u2019est tr\u00e8s cool, mais en plus \u00e7a a un r\u00e9el int\u00e9r\u00eat !<\/p>\n

Aujourd\u2019hui, comment stockons nous nos donn\u00e9es num\u00e9riques ?<\/strong>
\nAujourd\u2019hui, les donn\u00e9es num\u00e9riques que nous stockons (nos photos enregistr\u00e9es sur notre Drive, nos musiques dans le Cloud, nos vid\u00e9os sur Internet, dont les r\u00e9seaux sociaux, etc) sont h\u00e9berg\u00e9es dans des Data Centers, ou centres de donn\u00e9es, qui sont de grands hangars renfermant des disques durs en permanence aliment\u00e9s en \u00e9lectricit\u00e9. Internet consomme donc en fait \u00e9norm\u00e9ment d\u2019\u00e9nergie, rien que pour maintenir tous ces disques de stockage en perp\u00e9tuel fonctionnement et dans les meilleures conditions de pr\u00e9servation possibles (temp\u00e9rature et humidit\u00e9 constantes, refroidissement des machines). En fait, si Internet \u00e9tait un pays, il ne serait rien de moins que le 3\u00e8me consommateur d\u2019\u00e9lectricit\u00e9 au monde, tout juste derri\u00e8re la Chine et les Etats-Unis.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Ces Data Centers<\/em> pr\u00e9sentent de plus l\u2019inconv\u00e9nient d\u2019une importante emprise au sol. L\u2019ensemble des Data Centers<\/em> du monde occupe plus de 42 millions de m\u00b2, soit 1.4 fois la taille de la Belgique enti\u00e8re, et cela sans produire, ni bi\u00e8re, ni frite, ni chocolat\u2026 Donc tout un espace qui ne peut \u00eatre utilis\u00e9 pour l\u2019agriculture, les for\u00eats ou le logement par exemple.
\nEt puis les disques durs utilis\u00e9s actuellement pour stocker nos donn\u00e9es num\u00e9riques doivent \u00eatre r\u00e9guli\u00e8rement chang\u00e9s, d\u00e9j\u00e0 parce qu\u2019ils ont des dates de p\u00e9remption assez courtes, mais aussi parce que les technologies changent (bandes magn\u00e9tiques, disques SSD, etc\u2026), g\u00e9n\u00e9rant autant de d\u00e9chets.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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En r\u00e9sum\u00e9, les m\u00e9thodes de stockage des donn\u00e9es num\u00e9riques actuelles pr\u00e9sentent les limites suivantes :<\/p>\n

\u2013 elles consomment \u00e9norm\u00e9ment d\u2019\u00e9nergie
\n\u2013 prennent de l\u2019espace au sol consid\u00e9rable
\n\u2013 doivent \u00eatre fr\u00e9quemment renouvel\u00e9es<\/p>\n

Pourquoi l\u2019ADN est un support de stockage super sexy<\/strong>
\nL\u2019ADN est le support de l\u2019information g\u00e9n\u00e9tique depuis le d\u00e9but de la vie sur Terre. Cela fait donc presque 4 milliards d\u2019ann\u00e9es que ce support de stockage des donn\u00e9es est mis \u00e0 l\u2019\u00e9preuve et perdure. Alors forc\u00e9ment, autant s\u2019en inspirer pour nos propres stockages de donn\u00e9es non ?<\/p>\n

L\u2019ADN humain contient environ 3.2 milliards de bases (pour rappel, une base est soit un A, un T, un G ou un C). En utilisant le syst\u00e8me de correspondance compacte \u00e9nonc\u00e9 plus haut, ces 3.2 milliards de bases pourraient stocker 0.8 Go (giga octets) de donn\u00e9es. Or, notre ADN on ne le voit m\u00eame pas \u00e0 l\u2019oeil nu tellement il s\u2019agit d\u2019une mol\u00e9cule compacte ! Si bien qu\u2019avec une telle technologie, on pourrait stocker l\u2019enti\u00e8ret\u00e9 d\u2019Internet dans un volume pas plus grand qu\u2019un litre.<\/p>\n

(Parenth\u00e8se nerd :
\nPour la s\u00e9quence un peu nerd de cet article, voici un court d\u00e9ptail de la capacit\u00e9 de compaction du stockage ADN : avec une densit\u00e9 maximale de 4,5\u00d71020 octets, soit 0,45 Zettabytes (ZB) \u00e9quivalent \u00e0 450 x106 Terabytes (TB) par gramme d\u2019ADN, toutes les donn\u00e9es num\u00e9riques de l\u2019humanit\u00e9 (45 ZB) pourraient tenir dans 100 g d\u2019ADN.
\nFin de la parenth\u00e8se nerd)<\/em><\/strong><\/p>\n

Et les avantages ne s\u2019arr\u00eatent pas l\u00e0 ! Alors qu\u2019on parvient \u00e0 lire de l\u2019ADN de mammouths \u00e0 partir de vestiges fig\u00e9s dans la glace pendant des milliers d\u2019ann\u00e9es, a-t-on d\u00e9j\u00e0 r\u00e9ussi \u00e0 lire un CD conserv\u00e9 dans de telles conditions, ne serait-ce que quelques ann\u00e9es ? L\u2019ADN est une mol\u00e9cule extr\u00eamement stable dans le temps, conservable \u00e0 temp\u00e9rature ambiante. Ce qu\u2019il faut en revanche c\u2019est la prot\u00e9ger des rayons UV, qui sont mutag\u00e8nes (d\u2019o\u00f9 l\u2019utilit\u00e9 de la cr\u00e8me solaire que nous mettons sur notre peau !). Le stockage de l\u2019ADN lui-m\u00eame ne n\u00e9cessite donc pas d\u2019\u00e9nergie puisque ces mol\u00e9cules sont parfaitement stables \u00e0 temp\u00e9rature ambiante dans des conditions appropri\u00e9es. La difficult\u00e9 dans le fait de stocker des donn\u00e9es dans le l\u2019ADN ce n\u2019est donc pas la stabilit\u00e9 de l\u2019ADN en tant que telle mais celle du support sur lequel on va mettre cet ADN. H\u00e9 oui, parce qu\u2019il faut bien le poser quelque part cet ADN ! Je vous r\u00e9v\u00e8lerai la m\u00e9thode pour laquelle nous avons opt\u00e9e dans les prochaines lignes.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Ok j\u2019ai compris, c\u2019est assez pratique de stocker des trucs dans l\u2019ADN en fait. Mais du coup, pourquoi la D\u00e9claration des Droits de l\u2019Homme ?\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n

Encoder la D\u00e9claration des Droits de l\u2019Homme et du Citoyen\u2026 et celle de la Femme<\/h3>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n
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Le projet de St\u00e9phane Lemaire \u00e9tait que nous d\u00e9veloppions une m\u00e9thode in\u00e9dite de stockage dans l\u2019ADN. Et pour prouver que cette m\u00e9thode fonctionne, il fallait \u00e9videmment que nous choisissions quelque chose \u00e0 encoder. L\u2019id\u00e9e \u00e9tait de montrer que l\u2019ADN peut \u00eatre le nouveau support d\u2019archivage, et impossible de penser \u00e0 l\u2019archivage sans penser aux Archives Nationales. Nous souhaitions ce projet profond\u00e9ment fran\u00e7ais, en tant que premi\u00e8re tentative de stockage dans l\u2019ADN par une \u00e9quipe fran\u00e7aise, et un des textes embl\u00e9matiques de la France et de sa R\u00e9publique, c\u2019est bien la D\u00e9claration de Droits de l\u2019Homme et du Citoyen, de 1789. Et parce que notre projet est cependant moderne, ce texte ne pouvait exister sans son pendant f\u00e9minin, la D\u00e9claration des Droits de la Femme et de la Citoyenne, r\u00e9dig\u00e9e par Olympe de Gouges en 1791 (et puis \u00e9tant la seule fille de l\u2019\u00e9quipe, il \u00e9tait quand m\u00eame bien normal de rajouter un peu de droit des femmes dans tout \u00e7a non?).<\/p>\n

Un projet d\u2019une grande dimension philosophique et historique<\/h4>\n

Alors a commenc\u00e9 une grande p\u00e9riode d\u2019aller-retours dans les biblioth\u00e8ques de Paris, \u00e0 la recherche des textes originaux. Ceux que nous trouvons sur Internet sont en g\u00e9n\u00e9ral corrig\u00e9s pour convenir \u00e0 notre langue fran\u00e7aise moderne. Or les textes originaux comprennent des lettres qui n\u2019existent m\u00eame plus aujourd\u2019hui, comme le \u00ab\u00a0s long\u00a0\u00bb, ainsi que des orthographes que nous jugerions fausses d\u00e9sormais. Alors la grande question \u00e9tait : faut-il conserver le texte r\u00e9ellement original, avec ses erreurs et ses s longs ? Mais qui suis-je pour y r\u00e9pondre ? Clairement pas la bonne personne.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Je suis alors partie \u00e0 la rencontre de philosophes et historiens sp\u00e9cialistes dans les droits de l\u2019homme et dans ceux de la femme, en r\u00e9alisant un v\u00e9ritable travail de d\u00e9tective \u00e0 la recherche des contacts des diff\u00e9rentes personnes que je souhaitais faire prendre part au projet. J\u2019ai en effet joui d\u2019une tr\u00e8s grande libert\u00e9 d\u2019action pendant mon ann\u00e9e dans l\u2019\u00e9quipe de St\u00e9phane Lemaire, me permettant d\u2019entrer en contact direct avec qui je pensais opportun pour le d\u00e9veloppement de ce projet. J\u2019ai ainsi eu la chance d\u2019organiser des interviews priv\u00e9es avec Olivier Blanc<\/strong>, historien et conf\u00e9rencier sp\u00e9cialis\u00e9 dans la R\u00e9volution fran\u00e7aise ; Genevi\u00e8ve Fraisse<\/strong>, philosophe fran\u00e7aise de la pens\u00e9e f\u00e9ministe, directrice de recherche \u00e9m\u00e9rite au CNRS \/ CRAL \u2013 EHESS ; Marcel Gauchet<\/strong>, philosophe et historien, r\u00e9dacteur en chef d\u2019une des principales revue intellectuelles fran\u00e7aises, Le D\u00e9bat chez Gallimard ; Maria Liouliou<\/strong>, sp\u00e9cialiste du patrimoine mondial au Centre du patrimoine mondial de l\u2019UNESCO. Des rencontres \u00e0 la fois essentielles \u00e0 l\u2019avanc\u00e9e de ce projet passionnant mais aussi extr\u00eamement enrichissantes d\u2019un point de vue personnel. (J\u2019en profite d\u2019ailleurs pour vous renouveller ma reconnaissance pour le temps et l\u2019int\u00e9r\u00eat que vous m\u2019avez accord\u00e9s !)<\/p>\n

Au final, les s longs n\u2019ont pas \u00e9t\u00e9 conserv\u00e9s pour cet encodage. En revanche, la D\u00e9claration des Droits de la Femme et de la Citoyenne s\u2019accompagne de plusieurs textes \u00e9tonnants dans leur modernit\u00e9 et leur sarcasme (je vous recommande vivement de les lire ! Et je r\u00e9digerai tr\u00e8s probablement des billets de blog \u00e0 leur sujet pour vous donner la joie d\u2019acc\u00e9der \u00e0 ces bijoux de l\u2019histoire). Le texte original d\u2019Olympe de Gouges contient : un pr\u00e9ambule adress\u00e9 aux femmes de tout \u00e2ge et situations sociales pour les exhorter \u00e0 se \u00ab\u00a0r\u00e9veiller\u00a0\u00bb et \u00e0 combattre les injustices li\u00e9es \u00e0 leur sexe ; une lettre \u00e0 la reine, Marie-Antoinette (h\u00e9 oui, directement ! Je fais p\u00e2le figure \u00e0 c\u00f4t\u00e9 \u00e0 ne m\u00eame pas avoir contact\u00e9 le Pr\u00e9sident pour ce projet), l\u2019enjoignant \u00e0 oeuvrer pour son propre sexe ; et un postambule adress\u00e9 \u00e0 la gente masculine, commen\u00e7ant par l\u2019intercation tr\u00e8s forte \u00ab\u00a0Homme, es-tu capable d\u2019\u00eatre juste ?\u00a0\u00bb. Et juste pour le plaisir de son premier paragraphe, en voici un extrait, dont on ne peut qu\u2019appr\u00e9cier la modernit\u00e9 (et la d\u00e9plorer en m\u00eame temps, car le discours que nous tenons d\u2019aujourd\u2019hui fait en fait douloureusement \u00e9chos \u00e0 ce texte de 1791) :<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Olympe de Gouges, 1791<\/em><\/div>\n
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Un projet alliant la biologie, la physique, la chimie et l\u2019informatique<\/h4>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n
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La biologie est une discipline qui a cette particularit\u00e9 de constamment n\u00e9cessiter l\u2019avanc\u00e9 d\u2019autres disciplines scientifiques, en particulier la physique et la chimie. Des exemples pour mieux s\u2019en rendre compte ? L\u2019existence de microorganismes n\u2019a pu \u00eatre prouv\u00e9e qu\u2019en les observant au microscope, un outil constitu\u00e9 d\u2019un ensemble de lentilles de verre, mis au point gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019optique, une discipline issue de la physique.<\/p>\n

Plus pr\u00e9cis\u00e9ment, dans notre cas particulier d\u2019encodage de donn\u00e9es num\u00e9riques dans l\u2019ADN, l\u2019\u00e9tape de biologie est encadr\u00e9e par une \u00e9tape de chimie en amont et de physique en aval, sans oublier les \u00e9tapes relevant du programme informatique cr\u00e9\u00e9.<\/p>\n

\u2013 De l\u2019informatique<\/em><\/u> : pour traduire le langage binaire en quaternaire.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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\u2013 De la chimie<\/em><\/u> : pour synth\u00e9tiser les s\u00e9quences d\u2019ADN que nous souhaitons stocker. Cette \u00e9tape est malheureusement \u2013 pour le moment \u2013 d\u00e9pendante de la p\u00e9trochimie. Mais des recherches existent pour d\u00e9velopper de nouvelles m\u00e9thodes de synth\u00e8se d\u2019ADN qui soient plus vertes (rejoignez donc l\u2019aventure de la recherche dans le domaine !). Comme les technologies de s\u00e9quen\u00e7age actuelles ne permettent pas de synth\u00e9tiser de tr\u00e8s longs fragments d\u2019ADN, une autre \u00e9tape de chimie est essentielle : l\u2019assemblage ex vivo par des enzymes, des fragments d\u2019ADN synth\u00e9tiques dans des structures ADN (des palsmides) capables d\u2019\u00eatre reconnues par la bact\u00e9rie.<\/p>\n

\u2013 De la biologie<\/em><\/u> : car nous utilisons des bact\u00e9ries pour multiplier en tr\u00e8s grand nombres de copies les s\u00e9quences d\u2019ADN assembl\u00e9es. L\u2019ADN \u00e9tant ensuite extrait des bact\u00e9ries, il n\u2019y a plus aucune \u00e9tape li\u00e9e \u00e0 la biologie dans la suite du processus, puisque l\u2019ADN est une mol\u00e9cule comme une autre une fois sortie de son contexte vivant.<\/p>\n

\u2013 De la physique<\/em><\/u> : pour s\u00e9quencer l\u2019ADN, c\u2019est \u00e0 dire le lire, donc d\u00e9terminer l\u2019ordre des bases d\u2019ADN A, T, G et C.<\/p>\n

\u2013 De l\u2019informatique<\/em><\/u> : encore ! Pour traduire la s\u00e9quence dans l\u2019autre sens dans l\u2019autre sens.
\nL\u2019encodage de donn\u00e9es num\u00e9riques dans l\u2019ADN est pour le moment r\u00e9serv\u00e9 au stockage froid, c\u2019est-\u00e0-dire de l\u2019archivage de donn\u00e9es qui sont tr\u00e8s rarement relues ou modif\u00e9es. Et on ne s\u2019en rend pas compte, mais le stockage froid repr\u00e9sente 85% du stockage total ! Prenez par exemple les actes notariaux : personne de les relit, et pourtant il est obligatoire de les conserver pendant plusieurs ann\u00e9e. Mais si des perc\u00e9es sont faites dans le domaine de la physique par exemple, on pourrait imaginer s\u00e9quencer l\u2019ADN instantann\u00e9ment et sans erreur, permettant d\u2019\u00e9largir l\u2019application du stockage num\u00e9rique dans l\u2019ADN \u00e0 du stockage de donn\u00e9es relues fr\u00e9quemment !<\/p>\n

Et la suite de cette grande aventure, c\u2019est quoi ?<\/h3>\n

Remise des capsules d\u2019ADN aux Archives Nationales : une premi\u00e8re mondiale<\/h4>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n
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Une des grandes attentes pour nous concernant ce projet \u00e9tait le d\u00e9p\u00f4t des capsules contenant les mol\u00e9cules d\u2019ADN dans lesquelles sont stock\u00e9es les D\u00e9clarations des Droits de l\u2019Homme et du Citoyen et de la Femme et de la Citoyenne aux c\u00f4t\u00e9s du texte original de la D\u00e9claration des Droits de l\u2019Homme et du Citoyen, conserv\u00e9 dans la Grande Armoire de Fer des Archives Nationales de Paris. La recherche \u00e9tant ce qu\u2019elle est, particuli\u00e8rement lorsqu\u2019on travaille avec du vivant, nous avons du reculer la date de notre visite aux Archives Nationales d\u2019un an.<\/p>\n

C\u2019est donc en novembre 2021 que nous avons \u00e9t\u00e9 convi\u00e9s \u00e0 cette conf\u00e9rence de presse d\u2019envergure nationale, accompagn\u00e9s de multiples journalistes repr\u00e9sentants de stations de radio telles que France Culture, Le Monde, France Inter, etc.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Cr\u00e9ation de Biomemory pour valoriser le brevet d\u2019encodage de donn\u00e9es num\u00e9riques dans l\u2019ADN<\/h4>\n

La technologie que nous avons d\u00e9velopp\u00e9e \u00e0 cinq, avec St\u00e9phane Lemaire, Pierre Crozet, Alexandre Maes et Zhou Xu<\/strong>, ayant donn\u00e9 lieu \u00e0 un brevet, St\u00e9phane Lemaire et Pierre Crozet ont co-cr\u00e9\u00e9 Biomemory <\/a>pour valoriser cette technologie. Biomemory est une start-up fran\u00e7aise sp\u00e9cialis\u00e9e dans l\u2019encodage de donn\u00e9es num\u00e9riques dans l\u2019ADN et qui valorise la technologie brevet\u00e9e. Ils ont \u00e9t\u00e9 rejoint par Erfane Arwani<\/strong>, CEO et cofondateur de Biomemory.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n

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\u2026 et je profiterai d\u2019un prochain num\u00e9ro de blog pour vous d\u00e9tailler la suite des aventures de Biomemory, ainsi que pour vous donner de plus amples d\u00e9tails sur cette technologie passionnante qu\u2019est le stockage de donn\u00e9es num\u00e9riques dans l\u2019ADN !<\/p>\n

Et pour finir, dans le cadre de la communication de Biomemory aupr\u00e8s de ses clients et investisseurs, j\u2019ai cr\u00e9\u00e9 pour Biomemory, par l\u2019interm\u00e9diaire de Beink<\/a>, un troph\u00e9e contenant deux capsules d\u2019ADN : l\u2019une pour la D\u00e9claration des Droits de l\u2019Homme et du Citoyen, l\u2019autre pour la D\u00e9claration des Droits de la Femme et de la Citoyenne, avec en fond un dessin r\u00e9alis\u00e9 pour l\u2019occasion, retra\u00e7ant l\u2019histoire de ces textes, depuis R\u00e9volution jusqu\u2019\u00e0 leur encodage dans l\u2019ADN en laboratoire. Un sacr\u00e9 p\u00e9riple !<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n

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Rencontres et projets Janvier 2018, je suis \u00e9tudiante en 3\u00e8me ann\u00e9e d\u2019\u00e9cole d\u2019ing\u00e9nieur en agronomie […]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":2869,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"content-type":"","inline_featured_image":false,"footnotes":""},"categories":[73,74,62,69],"tags":[],"class_list":["post-2868","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-adn","category-donnees-numeriques","category-innovation","category-recherche"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2868","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2868"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2868\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3696,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2868\/revisions\/3696"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/2869"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2868"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2868"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.beink.fr\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2868"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}